Deux frères Jack et Tom ont voyagé à travers une forêt magique. Un jour, Tom tomba dans un piège magique et mourut. Jack veut faire revivre son frère. Pour ce faire, il doit trouver les fragments de son âme. Vous dans le jeu Lost Spirit l'aiderez dans cette aventure. Devant vous sur l'écran, vous verrez votre personnage, qui va courir le long du chemin forestier, gagner progressivement en vitesse. En chemin, votre héros devra faire face à divers types de dangers, qu'il devra, sous votre direction, surmonter. Chaque fois que vous repérez un éclat d'âme, ramassez-le. Pour cela, vous recevrez des points et vous continuerez votre recherche.